Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης ιδρύθηκε το 1953 από την Εταιρία Κρητικών Ιστορικών Μελετών. Για την στέγαση του Μουσείου παραχωρήθηκε από τα Ιδρύματα Α. & Μ. Καλοκαιρινού το νεοκλασικό διατηρητέο οίκημα Οίκος Ανδρέου και Μαρίας Καλοκαιρινού (1903), σύμφωνα και με την θέληση του διαθέτη.

Στόχος της ΕΚΙΜ, η οποία ίδρυσε και λειτουργεί το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης ήταν και είναι η διαφύλαξη και προβολή της πολιτιστικής κληρονομιάς της Κρήτης από τους πρώτους βυζαντινούς χρόνους ως τη σύγχρονη εποχή. Ο στόχος αυτός επιτεύχθηκε σταδιακά, με περισυλλογές, αγορές και δωρεές αντικειμένων, καθώς και με την παρακαταθήκη αντικειμένων από το Υπουργείο Πολιτισμού.

Το Ιστορικό Μουσείο διαπνεόταν εξαρχής από ένα πνεύμα πρωτοπορίας. Οι διαδοχικές επεκτάσεις του Μουσείου και οι πρόσφατες επανεκθέσεις με σύγχρονες μουσειολογικές αντιλήψεις και ηλεκτρονικές εφαρμογές συνέτειναν στην δημιουργία ενός ζωντανού Μουσείου, φιλικού για τον επισκέπτη, με τα σύγχρονα δεδομένα. Σήμερα το ΙΜΚ προσφέρει μια σύνθετη εικόνα της Ιστορίας και της Τέχνης της Κρήτης από τους πρώτους χριστιανικούς χρόνους ως τον 20ο αιώνα.

Οι περιοδικές εκθέσεις κινούνται σε ένα ευρύ φάσμα, από την Βυζαντινή ως τη σύγχρονη τέχνη, την ανάδειξη κορυφαίων λογοτεχνικών μορφών της Ελλάδας (Ελύτης, Καζαντζάκης), την παρουσίαση μεγάλων ιστορικών γεγονότων από το τέλος του 19ου αιώνα μέχρι και τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο. Αντίστοιχα, τα διαρκώς εμπλουτιζόμενα εκπαιδευτικά προγράμματα, που προσφέρονται δωρεάν, αποτελούν δημιουργική πηγή μάθησης σε σχέση με τις Μόνιμες Συλλογές και τις Περιοδικές Εκθέσεις του Μουσείου.

Διαλέξεις, επιστημονικά συμπόσια, προβολές ταινιών και παρουσιάσεις βιβλίων που γίνονται στο Αμφιθέατρο του ΙΜΚ συμπληρώνουν την λειτουργία του, καθιστώντας το έναν εξωστρεφή, πολύπλευρο, πολιτιστικό οργανισμό.